水體中的氨氮是指以氨(NH3)或銨(NH4+)離子形式存在的化合氨。氨氮是各種形態的氮中危害影響最大的一種，是水體受到污染的標志，其對水生態環境的危害表現在多個方面。就像有機物污染的標志——COD一樣，氨氮也是水體中的主要耗氧污染物，氨氮氧化分解消耗水中的溶解氧，使得水體發黑發臭。

氨氮的危害主要表現在對水生生物的毒害作用上。氨氮中的非離子氨是引起水生生物毒害的主要因子，對水生生物具有較大的毒害，其毒性比銨鹽大幾十倍。在充足的氧氣條件下，氨氮可被微生物氧化為亞硝酸鹽氮，進而分解為硝酸鹽氮，亞硝酸鹽氮與蛋白質結合生成亞硝胺，這是一種具有致癌和致畸作用的物質。

同時，氨氮還是水體中的一種營養素，可以為藻類等水生生物的生長提供營養源，從而增加水體富營養化現象的發生幾率。然而，過量的氨氮也可能導致水體的富營養化現象加劇，從而引發一系列的環境問題。
在自然地表水和地下水中，氨氮主要以硝酸鹽氮(NO3)為主，但在受污染的水體中，游離氨(NH3)和銨離子(NH4+)形式的氮會大量存在，這種形式的氨氮被稱為水合氨或非離子氨。非離子氨是引起水生生物毒害的主要因子，而銨離子相對基本無毒。因此，對于標準Ⅲ類地面水，非離子氨的濃度應控制在≤0.02毫克/升以內。

氨氮是水體中的一種營養素，它可以導致水體富營養化現象的產生，同時也是水體中的主要耗氧污染物。對于魚類及某些水生生物來說，氨氮具有毒害作用。氨氮的主要來源包括人和動物的排泄物、生活污水以及農用化肥的流失等。此外，化工、冶金、石油化工、油漆顏料、煤氣、煉焦、鞣革、化肥等工業廢水中也含有大量的氨氮。

在水環境中，氨氮可以在一定條件下轉化為亞硝酸鹽。如果長期飲用含有亞硝酸鹽的水，水中的亞硝酸鹽將與蛋白質結合形成亞硝胺，這是一種強致癌物質，對人體健康極為不利。

氨氮對水生物的危害作用主要表現在急性和慢性兩種情況上。慢性氨氮中毒危害包括：攝食降低、生長減慢、組織損傷以及降低氧在組織間的輸送。魚類對水中氨氮比較敏感，當氨氮含量過高時會導致魚類死亡。急性氨氮中毒危害表現為：水生生物表現亢奮、在水中喪失平衡、抽搐，嚴重者會導致死亡。